Penyelenggaraan penelitian di Universitas Jenderal Achmad Yani (UNJANI) diarahkan sebagai instrumen strategis pengembangan ilmu pengetahuan, sains, dan teknologi untuk menjawab permasalahan prioritas nasional dan kebutuhan masyarakat. Penelitian UNJANI tidak hanya berorientasi pada penguatan kapasitas akademik dosen, tetapi juga pada penciptaan dampak nyata melalui luaran terukur, peningkatan Tingkat Kesiapterapan Teknologi (TKT), dan pemanfaatan hasil penelitian, sejalan dengan moto UNJANI sebagai Smart Military University.
Pelaksanaan penelitian dikelola oleh Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat melalui sinergi pendanaan internal kompetitif UNJANI dan berbagai skema pendanaan eksternal. Pendanaan internal difokuskan untuk memperkuat penelitian dasar, terapan, dan pengembangan yang selaras dengan arah strategis institusi, sedangkan pendanaan eksternal dimanfaatkan untuk meningkatkan daya saing peneliti UNJANI di tingkat nasional dan internasional.
Pengelolaan penelitian UNJANI mengacu pada kebijakan nasional Kementerian Pendidikan Tinggi, Sains, dan Teknologi serta diintegrasikan dalam sistem pengelolaan yang akuntabel, transparan, dan berorientasi pada capaian luaran. Seluruh kegiatan penelitian berlandaskan Rencana Strategis Penelitian LPPM UNJANI Tahun 2022–2026 sebagai peta jalan pengembangan riset yang berkelanjutan dan selaras dengan SDGs serta fokus riset nasional.
Dalam rangka mewujudkan penelitian yang unggul dan berdampak, fokus penelitian UNJANI diarahkan pada bidang-bidang strategis yang berpotensi menghasilkan pengembangan teknologi dan kontribusi nyata bagi penguatan kapasitas nasional serta pembangunan berkelanjutan, meliputi:
1. Kesehatan, Farmasi, dan Teknologi Medis
2. Energi, Lingkungan, dan Keberlanjutan Sumber Daya Alam
3. Pangan, Pertanian, dan Ketahanan Hayati
4. Pertahanan, Keamanan, dan Ketahanan Nasional
5. Transportasi, Manufaktur, dan Rekayasa Sistem
6. Teknologi Informasi, Komputasi, dan Sistem Cerdas
7. Material Maju dan Teknologi Fungsional
8. Kemaritiman dan Teknologi Kelautan
9. Kebencanaan dan Ketahanan Lingkungan